Биография
О жизни до Зоны мало что известно. По книгам, он рано лишился родителей и его взял на попечение будущий Доктор, которым, вероятно, был «Дядя Коля» из сборника рассказов «Чистое Небо» (однако неизвестно, действительно ли это так). Так же неизвестны причины, по которым Стрелок отправился в Зону. По одной из версий он шёл за Доктором — своим приёмным отцом. В игре упоминаний об этом нет. Так же Доктор фигурирует как приёмный отец Стрелка в моде «Priboi Story».
Первый поход на Север
Стрелок покидает дом Доктора
В 2011 году в начале августа он вместе со своей группой проникает в центр Зоны к ЧАЭС. Так Стрелок находит запертую дверь. Клык сообщает, что может изготовить декодер для этой двери. При попытке уйти с ЧАЭС, на группу нападает отряд группировки Монолит. Призрак и Клык теряют из виду Стрелка, который уходит от атаки бегством. Он попадает в четвертый энергоблок, где видит загадочный камень Монолит. Камень просит Стрелка загадать желание, но обессиленный сталкер теряет сознание. Клык и Призрак отводят его к Доктору, который живёт на болоте. Тот залечивает Стрелку серьезные раны. После излечения, Стрелок покидает дом Доктора и отправляется на Север. Сталкер посещает тайник Стрелка, где узнает, что Призрак и Клык попали в засаду в деревне на Военных складах, и Клыка убил мужчина со шрамом. Стрелок обещает отомстить за товарища.
Второй поход на Север
Стрелок вновь собрался на Север. Он направился в Рыжий лес, так как лишь через него можно было пройти на ЧАЭС, минуя Радар. Пробираясь через Янтарь, Стрелок крадёт у академика Сахарова прототип защиты от пси-излучения и пробирается через пси-установку на Янтаре в Рыжий лес. Понимая, что его преследуют враждебно настроенные сталкеры, Стрелок подрывает единственный известной тоннель. Однако сталкер не знает о тоннеле, который существует в Лиманске. Также известно, что в это время Стрелок посетил территорию завода «Юпитер», о чём свидетельствует записка Стрелка на цементом заводе. Стрелок доходит до ЧАЭС, где его настигает враждебная группировка «Чистое Небо». Выходит из строя прототип защиты от пси-излучения Стрелка. Попав под вражеский огонь, сталкер падает без сознания. Тут же происходит новый сверхвыброс. Стрелок попадает в плен «О-Cознания». Зомбирующая программа S.T.A.L.K.E.R. дает сбой, а потому Стрелок получает задание убить самого себя.
Меченый (третий поход на Север)
Татуировка на руке Меченого

Грузовик Смерти, перевозящий S.T.A.L.K.E.R.ов, попадает в аварию на южном кордоне. Стрелка спасают люди местного торговца Сидоровича. Стрелок не помнит ни своего имени, ни своего прошлого. В его КПК есть только одна запись — «убить Стрелка». За татуировку S.T.A.L.K.E.R. он получает прозвище «Меченый».
Сидорович, в качестве платы за спасение, даёт Меченому задание добыть документы, которые находятся на военной базе в НИИ «Агропром». Также торговец даёт наводку на сталкера Лиса, который может знать, где искать Стрелка. Меченому приходится спасать Лиса: тот вернулся из глубокого рейда, а за ним увязалась стая слепых псов. Лис сообщает, что его брат Серый знает о Стрелке.
Меченый находит Серого на Свалке. Тот, в свою очередь, дает наводку на Крота, сталкера, нашедшего тайник Стрелка. Меченый спасает Крота на НИИ «Агропром» от военных и получает координаты тайника. В подземельях НИИ Меченый находит тайник группы Стрелка. Из найденных там материалов становится ясно, что один из «стрелковцев» — Клык — убит, другой — Призрак — ищет убийц, а сам Стрелок в это время отправился к ЧАЭС. С украденными у военных документами Меченый отправляется к Бармену на базу Долга на заводе «Росток». Тот находит материалы весьма интересными и отправляет сталкера за продолжением — в покинутые секретные лаборатории X-18 и X-16. На пути в первую Меченый расправляется с Боровом — бандитским паханом — и спасает долговца Пулю. По пути во вторую — спасает от наёмников учёного-Круглова.
Начальник Круглова — Профессор Сахаров — сообщает интересную вещь: в X-16 отправился с одним из учёных и Призрак! Но не вернулся. Меченый находит трупы и учёного — Васильева — и самого Призрака. Из документов, найденных в лабораториях, следует, что Радар, преграждающий путь к центру Зоны, рукотворен, и его вполне можно отключить, точно так же, как Меченый уже проделал это в X-16. Но тут Бармен выводит Меченого на след Проводника — человека, определённо знакомого со Стрелком. Тот сообщает о некоем Докторе, который ждёт Стрелка в тайнике его группировки. Меченый бежит туда… Чтобы выяснить, что Стрелок — это он сам. В старых билдах и ресурсах релизной игры Стрелок попадает в плен к наёмникам в Мёртвом Городе где и встречает Доктора
Доктор рассказывает Меченому — теперь уже Стрелку — что он, Стрелок, узнал во время своих рейдов к ЧАЭС: легендарный Монолит, «исполнитель желаний» — лишь фикция, иллюзия, а настоящая тайна зоны спрятана где-то рядом с ним. Стрелок отключает Радар и вместе с другими сталкерами двигает по открывшейся дороге в город-призрак — Припять.
Меченый вышел из убежища «О-Сознанцев»
Меченый присоединяется к общему разуму
В гостинице по наводке Доктора он находит декодер, который должен открыть самую таинственную дверь Зоны, и свои собственные рукописные заметки. Добравшись до ЧАЭС, отбиваясь от монолитовцев и военных, он находит эту дверь и открывает её. Оказывается, Зона — результат вышедшего из-под контроля эксперимента группы «О-Сознание», которая пыталась слиться с ноосферой — глобальной памятью человечества. Отказавшись от заманчивого предложения присоединиться к «О-Сознанию», Стрелок находит убежище амбициозных учёных и уничтожает их (во всяком случае, именно такой исход предполагается, судя по развитию сюжета в «Зове Припяти»).

Последствия
Стрелок на базе военных в Припяти
Стрелок на работе в НИИЧАЗ
После уничтожения О-Сознания Стрелок понимает, что Зона не исчезла. Он уходит в Припять и присоединяется к группе военных под руководством майора Дегтярёва и многое рассказывает им о Зоне — в частности, открывает причину провала операции, выживших после которой и собрал Дегтярёв. После того, как военные с боем вырываются из Припяти, Стрелок становится главным научным консультантом в НИИЧАЗ — научно-исследовательском институте Чернобыльской аномальной зоны.